生物制藥工業是污染大戶，其排出廢水中不僅有機污染物濃度高，而且含有抑制微生物生長 的各種因素，采用通用的廢水處理技術就可以取得良好的處理效果。生物制藥工業是以糧食為 原料，發酵培養特定藥用微生物，發酵液經過壓濾后濾液可用化學手段提取。在制藥過程中主 要有兩類廢水：發酵廢水和提取廢水。發酵廢水中混有發酵殘渣和微生物菌等，懸浮物含量 高，對某些微生物有較強的抑制作用。加入混凝劑可使懸浮物沉淀下來，清液對微生物的抑制 性明顯降低。提取廢水是濾清液用化學方法提出藥物成分后的廢水。
處理制藥廢水過程中要用到聚合氯化鋁、聚丙烯酰胺等凈水劑的情況一般如果是生化污泥處理的話一般選擇工業級聚合氯化鋁和離子度較高凈水劑產品，如果有機濃度很高的情況下，甚至選擇工業級聚合氯化鋁配合離子度60以上酰胺來使用的效果好。如果是電解處 理或者是前段氣浮處理情況的話。要根據污水的水質，關鍵的技術指標是看PH值大小來判斷絮凝劑的選擇情況，一般原則的PH小于7的話常選用非離子凈水劑做助凝劑或者是污泥濃縮沉淀劑。如果是PH是7以上，常用的是陰離子凈水劑來搭配工業級聚合氯化鋁來使用。
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